El convento San Francisco es la construcción de mayor antigüedad de la ciudad de Granada, instaurada en 1524 por Francisco Hernández de Córdoba, la fundación de dicho inmueble data de 1529 bajo el nombre de Inmaculada Concepción de María por Fray Toribio de Benavente, eclesiástico de la orden franciscana, conocido por su sencillez y pobreza; el convento fue inicialmente construido con paredes de madera y techo de paja. Todo parece indicar que el templo y convento de San Francisco actualmente ocupan el mismo lugar de su fundación.

Algunos historiadores señalan que ahí vivió y predicó Fray Bartolomé de las Casas, protector de los indios en 1536 quien enfatizaba en sus mensajes en contra de la quinta expedición al Rio San Juan, comandada por el capitán Diego Machuca de Suazo. Del Antiguo convento e Iglesia se conservan cuatro imágenes antiguas y de mucho valor artístico: la imagen de la Virgen del Rosario (s. XVI) donada por los Reyes de España, el Cristo Crucificado o llamado también Señor del Rosario (s.XVII), la imagen de San Antonio de Padua (s.XVIII) y por último la imagen de la Virgen Dolorosa, actualmente resguardada en la Catedral de Granada.

Actualmente lo único que se conserva intacto de la época colonial es el atrio, gradas y muros exteriores del templo. La Iglesia y el convento fueron incendiados tres veces, las dos primeras por invasiones piratas, siendo la más destacada la del Pirata Morgan y la última fue por el filibustero William Walker. Es importante destacar que en el antiguo convento de San Francisco funcionó también la primera Universidad en Nicaragua en tiempos de Francisco Morazán quien fue presidente de la Federación Centroamericana.

Entre los años 60 y 70, el antiguo convento fue sede del Instituto Nacional de Oriente al igual que diversos tipos de escuelas, posteriormente fue inhabilitado por abandono. En los años 90 inició la reapertura como museo donde solamente estaba habilitada el área de la estatuaria donde se encuentran preservados actualmente los ídolos precolombinos de la historia nicaragüense descubiertos en la Isla Zapatera.

Actualmente el convento de San Francisco ha sido modificado para abrir sus puertas como museo, de esta manera ha sufrido varios cambios entre ellos reparación, remodelación y restructuración del mismo; en nuestros días es el Instituto Nacional de la Cultura quien administra y resguarda éste local.

El museo ofrece una variada colección de pinturas primitivistas de reconocidos artistas nicaragüenses que hacen referencia a la vida cotidiana del pueblo y a hechos relevantes de la historia de nuestro país. Es importante señalar que algunas piezas artísticas fueron elaboradas y restauradas por el maestro Pedro Vargas actual vicealcalde de Granada.